El Fondo de Seguridad Social en Salud es una dependencia especializada, adscrita a la Universidad e Nariño, creada mediante Acuerdo 015 de Marzo de 2001 en desarrollo de la Ley 647 de 2001, que facultó a las universidades estatales para organizar su propio sistema de seguridad social en salud; con organización administrativa y financiera propia, a quien le corresponde por estatuto, prestar los servicios médico asistenciales a sus usuarios conforme a leyes, convenciones y pactos vigentes, en las instalaciones propias o a través de su red de servicios. Atiende las necesidades de salud de los docentes de tiempo completo, personal administrativo de planta y pensionados de la Universidad de Nariño y su núcleo familiar; actualmente cuenta con 1.158 afiliados.

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